La Ménagerie du Jardin des Plantes eut très tôt un caractère national. Elle fut mise en chantier par la Révolution française afin de se substituer à la "Ménagerie royale de Versailles construite pour le faste et l'orgueil des tyrans". Le démarrage fut difficile. Les professeurs du Muséum mirent à profit la réquisition, à la fin de l'année 1793, par le Préfet de Paris des animaux des forains, puis des quelques pensionnaires de la Ménagerie de Versailles et de celle du Duc d'Orléans, pour constituer l'ébauche d'une ménagerie, dite provisoire, au Jardin des Plantes.

En décembre 1794, six ans après la mort de Buffon qui avait tant rêvé de cette création, un décret officialisa sa fondation. Mais les difficultés financières, sanitaires, alimentaires, architecturales furent immenses et les débuts chaotiques.

Napoléon donna le vrai coup d'envoi en commandant successivement un grand bâtiment en 1804, la Rotonde, et les fosses à ours en 1805. La Rotonde fut construite sur le plan de la légion d'honneur et terminée en 1812.

Trois bâtiments construits ensuite, la première fauverie (1821), les maisons des rapaces (1825) et la singerie (1837), furent par la suite détruits. Mais plusieurs édifices de la même période existent toujours actuellement ; il s'agit de la faisanderie semi-circulaire (1827), de la galerie des reptiles (1870) et de la nouvelle faisanderie (1881). L'apothéose fut atteinte en 1888 avec la construction d'une magnifique volière, encore utilisée à notre époque.

« La cour des pélicans avec la maisonnette des chèvres du Sénégal et, au second plan, le bassin des otaries. Le bâtiment du fond, à gauche, est l'orangerie. »
Histoire des Ménageries de l'Antiquité à nos jours, Gustave Loisel, 1912

Le début du XX^e siècle reste une période faste où furent construits un bâtiment d'hivernage (1905), une petite singerie (1928) actuellement transformée en nurserie, un vivarium (1929), une nouvelle singerie (1934) et une fauverie (1937).

Après cet essor, un demi-siècle s'écoula sans autre innovation, hormis la restauration des fosses à ours et divers aménagements techniques (décloisonnement des parcs, allègement des grilles...). Il fallut attendre 1983 pour voir s'élever de nouveaux logements pour les rapaces. Diverses rénovations furent effectuées et achevées au cours des années 1980, telles que celles de la Rotonde, de la grande volière ou de la galerie des reptiles.

La totalité du Jardin des Plantes et de ses bâtiments fut classée au titre des Monuments Historiques par arrêté du 24 mars 1993.

Soucieuse du bien être de ses pensionnaires, la ménagerie, petit zoo urbain, se spécialisa peu à peu dans les espèces de faible taille. Durant la décennie 1990, d'autres rénovations furent entreprises et un travail important d'enrichissement eut également lieu et permit d'améliorer grandement les conditions de vie des animaux.

A l'aube du XXI^e siècle, la rénovation de la nouvelle faisanderie, bâtiment datant de 1881, a prouvé la capacité et la volonté d'évolution de la Ménagerie du Jardin des Plantes. De nombreux projets et rénovations sont actuellement en cours de réflexion et seront bientôt mis en oeuvre.

Créée en 1794, la Ménagerie du Jardin des Plantes reste à l'heure actuelle le plus vieux zoo au monde encore existant. Ses portes furent très tôt ouvertes au grand public à l'inverse d'autres ménageries comme celle de Schönbrunn créée en 1752 mais qui resta longtemps privé.